In Europa stoppte der Kirchenvater Augustinus (gest. 430 n. Chr.) diese Debatte zugunsten der Theologie. Seither galt kritisches Denken als Verstoß gegen den rechten Glauben. Wer versuchte, die Debatte wieder aufzunehmen, wurde von der Kirche schnell zum Schweigen gebracht oder sogar ausgeschlossen. Nicht so in der arabischen Welt – zumindest nicht bis zum Ende des 12. Jahrhunderts.
Der letzte bedeutende und bekannteste muslimische Philosoph war Ibn Rushd, besser bekannt unter seinem lateinischen Namen Averroës. Er wurde 1126 in Córdoba, der Hauptstadt von Al-Andalus, geboren. Córdoba – im damals muslimischen Teil der iberischen Halbinsel – war nach dem Niedergang Bagdads neben Kairo zum intellektuellen Zentrum der muslimischen Welt geworden. In Europa nannte man Averroës "den Kommentator", da er fast zu jedem Werk von Aristoteles einen Kommentar verfasst hatte. Die Übersetzungen von Averroës' Kommentaren ins Lateinische trugen zur Verbreitung der Werke von Aristoteles in Europa bei.
Wahrheitssuche durch Glauben oder Philosophie
Averroës löste in Europa eine Art intellektuelles Erdbeben aus. Er vertrat die These, dass es nur eine einzige Wahrheit geben könne, die auf zwei verschiedenen Wegen erreichbar sei: entweder durch den Glauben oder durch die Philosophie. Wenn sich beide Wege widersprechen, seien die heiligen Texte allegorisch zu lesen. Damit stellte er die Suche nach der Wahrheit (oder Wissenschaft) über den Glauben. Auch bestritt Averroës die Unsterblichkeit der individuellen Seele und die Erschaffung der Welt aus dem Nichts durch Gott.

Averroës' Thesen wurden von den ersten europäischen Universitäten übernommen und dort auch gelehrt, also in Paris, Bologna, Padua und Oxford. Die Kirche reagierte darauf schockiert. Aber die Kraft seiner Argumente in Verbindung mit den philosophischen Konzepten von Aristoteles entfaltete eine starke Anziehungskraft.
1270 und 1277 verurteilte der Bischof von Paris Averroës' Ideen. Dabei griff der Bischof auf die Argumente von Al-Ghazali zurück, einen islamischen Theologen und ausgewiesenen Gegner von Averroës. Letztlich aber war es Thomas von Aquin, der mit seinen Werken "Über die Einheit des Geistes gegen die Averroisten" und "Summa theologiae" über die Thesen Averroës' triumphierte, wodurch die Theologie wieder Oberhand über die Philosophie gewann.
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